上海高校服务器装机、GPU 算力工作站选型与机房改造的实战碎碎念：记录真实项目交付、显卡选型对比、AI 服务器搭建与避坑经验。
16S/ITS 扩增子（微生物组）分析怎么配机器：DADA2 官方 “Big Data” 文档给的参照是”16 核 / 64GB 内存的普通计算节点”，可跑约 1.5 亿 reads / 750 样本，Sample Inference 约 2–12 小时，双端测序耗时翻倍；官方还给了”10 台 8GB 小机器等于 1 台大机器”的省钱方案。QIIME 2 官方明确点名”质控与分类注释”是内存/CPU 密集步骤、可能需要 HPC。含两工具硬件画像表、单样本深度导致的耗时规律、版本与离线部署清单、三档配置。
三代长读长（PacBio / ONT）基因组组装怎么配机器：Flye 官方 benchmark 覆盖 2GB（大肠杆菌）到 662GB（羊肠道宏基因组），hifiasm 官方表 68GB（玉米）到 699GB（红杉）；HiFi 与 ONT 同物种内存差约 3 倍；NextDenovo 官方给的公式按”输入总碱基数”分配内存，并点名瓶颈是 minimap2 与 IO（建议放 SSD）；minimap2 默认一次载入至多 8G 碱基建索引。含五工具硬件画像表、官方三条”禁止用法”、三档配置与存储口径。
宏基因组（微生物组）分析怎么配机器：Kraken2 建标准库要约 100GB 磁盘、索引从 7.5GB 到 644GB 分八档，官方要求”内存装得下数据库”且不建议放 NFS；MetaPhlAn 走轻量路线（数据库压缩包 5.6GB）；CheckM2 官方给了 `–lowmem` 把内存减半；组装与分箱（MEGAHIT/MetaBAT2）无限值但官方给了降内存与断点续跑开关。含五工具硬件画像表、按”数据量”估内存的口径、离线数据库预置清单与三档配置思路。
量子化学软件 ORCA 的配置思路：官方手册的 architecture / calling / typical / FAQ 章节检索不到 GPU，并行是 OpenMPI / MS-MPI 多进程，靠输入文件里的 PAL 或 %pal 指定进程数，官方明确”不要用 mpirun 启动 driver”。含许可与获取途径（学术免费、Linux 官方直下）、与 VASP/LAMMPS 混跑时的 CPU 核数核算口径、内存与 scratch 的实测方法。
EEG/MEG 与功能影像分析的配置重点：MNE-Python 常规分析不用 GPU，内存与 CPU 核数才是关键；AFNI 是纯 CPU 工具集，单被试流程偏单线程所以要兼顾单核性能；源定位还会牵出 FreeSurfer 一类结构影像依赖。含两个工具的硬件画像表、内存为什么被低估、队列分析的调度问题与三档配置思路。
从测序读段到变异结果这条流水线怎么配机器：BWA 是多线程 CPU 程序、samtools 的瓶颈几乎总在磁盘 IO 与压缩解压、bcftools 在大队列合并时内存明显上升、Salmon 比全比对流程更省内存与存储。含四个工具的硬件画像表、存储按倍数估算的口径、注释库离线预置等交付前置条件，以及三档配置思路。
脑影像（MRI/DTI/EEG）课题组的服务器配置思路：FreeSurfer 官方明确不推荐买显卡、fMRIPrep 官方基准机无 GPU；但 FSL 有 4 个官方 GPU 加速工具，且 FEAT/TBSS 等属于”集群感知”工具——不配调度会静默串行。含各软件硬件画像表、前置条件（FreeSurfer 许可 / MATLAB 路径 / 仅 WSL）与配置分档。
fMRIPrep 配置怎么定：官方基准机是 20 核 + 64GiB + 无 GPU；官方实测数据集 B 单次运行 4h25m、临时目录 121GB / 15.7 万个文件，而最终输出只有 5.1GB。本文拆解官方基准表，讲清 –nprocs / –omp-nthreads / –mem / –low-mem 该怎么设，并给出按队列规模的配置分档与交付清单。
脑影像分析（皮层重建、fMRI 预处理、影像统计）绝大多数流程不用显卡。FreeSurfer 官方 System Requirements 写明：不推荐专门为 FreeSurfer 购买 GPU 卡、”SSD 没有收益”，并给出”每并发被试 = 1 核 + 4GB 内存”的配比。本文逐条拆解官方原文，并给出按被试数推算核数/内存/存储的表与交付清单。
DiffDock 安装失败的两类真实报错：nvcc 不支持 compute_89（RTX 40 系 / Ada）导致 openfold 编译失败、宿主机 CUDA 12.0 与 PyTorch 编译所用 11.7 不匹配、conda env create 阶段 pip 构建失败。含逐条排查命令、容器交付方案与验收清单。
